Curs de Bioinformàtica per a la Recerca Biomèdica

Presentació: La recerca biomèdica moderna necessita sovint fer servir informació de diverses menes; per exemple sobre estructures, seqüències, anotacions o funcions de diferents tipus d'entitats i components biològics. Molta d’aquesta informació es troba disponible en bases de dades públiques i el domini de les eines per accedir-hi i recuperar-ne la informació necessària és una habilitat cada cop més imprescindible entre els investigadors en biomedicina.

D’altra banda les tècniques de biologia molecular moderna permeten generar, en poc temps i amb poc cost, grans quantitats de dades relacionades amb les anomenades ciències “òmiques” que els investigadors necessiten poder manegar i analitzar. Si bé algunes d'aquestes anàlisis poden ser complexes i requerir de personal especialitzat http://ueb.vhir.org/ n'hi ha d'altres que, amb els coneixements i els recursos adequats, són relativament senzilles de dur a terme.

L'objectiu principal d'aquests curs és proporcionar una perspectiva general dels principals recursos bioinformàtics que poden resultar d'utilitat en el dia a dia de la recerca biomèdica o la pràctica clínica. El seu enfoc és aplicat i el que es persegueix és dotar als investigadors i professionals de la biomedicina de conceptes i eines per saber quan -i com- cal fer servir cadascun d’aquests recursos, o quan és millor buscar suport més especialitzat.

L'aplicació dels conceptes i tècniques presentats al llarg del curs es durà a terme consultant bases de dades i navegadors genòmics online, però també emprant eines específiques, com Galaxy o R i Rstudio, ja instal·lades als ordinadors de l'aula.

A qui s'adreça el curs: Els curs s'adreça a investigadors -pre o post docs- i professionals de la biomedicina que desitgin aplicar la bioinformàtica en els seus estudis o que, simplement, vulguin entendre millor els estudis realitzats pels bioinformàtics que els donen suport.

Professorat: El curs està organitzat per la Unitat d'Estadística i Bioinformàtica (UEB) del Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR).

El curs serà impartit pels membres de la UEB, la Dra. Mireia Ferrer, doctora en l'àrea de Biomedicina, Màster en Bioestadística i Bioinformàtica i Màster en Immunologia, el Dr. Álex Sánchez, doctor en Estadística, Màster en Bioinformàtica i professor titular del departament de Genètica, Microbiologia i Estadística de la Universitat de Barcelona, Esther Camacho, llicenciada en Biotecnologia, Màster en Bioestadística i Bioinformàtica i Màster en Biologia Cel·lular, el Prof. Angel Blanco, DEA en Genètica i professor del departament de Genètica, Microbiologia i Estadística de la Universitat de Barcelona i la Dra. Berta Miró, doctora en Biologia i Màster en Bioestadística i Bioinformàtica.

Organització: El curs es farà en una aula d'informàtica, de forma que no cal que els alumnes portin ordinadors.La metodologia serà de caire teòrico-pràctic. Cada sessió es dividirà en una part d'exposició teòrica seguida o intercalada amb parts pràctiques on els alumnes treballaran en grups d'una o dues persones. En cada sessió participaran dos professors, un que estarà donant la classe i l’altre que estarà atenent els dubtes individuals que puguin tenir els alumnes.

Dates, horaris i lloc de realització: El curs té una durada de 20 hores i consisteix en cinc sessions de quatre hores.

Les sessions es faran els dies 17, 22, 24, 29 de novembre i 1 de desembre de 2021, de 9:30 a 13:50h a l'aula d’informàtica del Mòdul Sud de la Facultat de Medicina (Pavelló Docent) de l'Hospital Universitari Vall d'Hebron.

Continguts: 

Sessió 1: 17 de novembre

1.1 Introducció a la bioinformàtica i a les bases de dades en biologia molecular

Els problemes que tracta la bioinformàtica. Aplicacions de la bioinformàtica en biomedicina

Bases de dades, navegadors genòmics i repositoris en biologia molecular. Cerca i consulta d’informació.

1.2 Introducció a R i Rmarkdown

Programació bàsica en R. Manegament de dades i gràfics amb R.

Descàrrega de dades de repositoris òmics amb R

Sessió 2: 22 de novembre

2.1 Introducció a les tecnologies de ‘next generation sequencing’ (NGS):

De la seqüenciació Sanger al NGS. Seqüenciació de segona i tercera generació.

Aplicacions de la NGS en la biologia i biomedicina.

2.2 Tipus d'arxius i eines per l'anàlisi de dades de NGS. Introducció a Galaxy.

Tipus d'arxius en NGS

El projecte Galaxy: Plataforma web per a l’anàlisi i la recerca biomèdica.

Sessió 3: 24 de novembre

3.1 Introducció a l’anàlisi de variants

El problema de la selecció de variants. Importància mèdica i dificultats que comporta

3.2 Cas pràctic: Preprocessat de seqüències i anàlisi de variants amb Galaxy

Sessió 4: 29 de novembre

4.1 Introducció a l’anàlisi de dades òmiques (transcriptòmica)

Conceptes clau a tenir en compte en l’anàlisi de dades òmiques

4.2 Cas pràctic: Anàlisi de dades de RNAseq amb R i Bioconductor

Des de la taula de comptatges fins a la llista de gens diferencialment expressats

Sessió 5: 1 de desembre

5.1 Després de la selecció de gens: Anàlisis de significació biològica

Mètodes per a l’anàlisi de llistes de gens: ORA, GSEA, Anàlisi de xarxes.

5.2 Eines i recursos per l'anàlisi de pathways: DAVID, GSEA, Reactome, g:Profiler

Quotes d'inscripció i places disponibles: L'import del curs varia segons l'afiliació i el moment del pagament. Els preus són els següents:

Pagament abans del 10 de novembre

Membres del Campus Vall d’Hebron (VHIR/VHIO/HUVH): 170€

Membres d’Esfera UAB, OPIS i Associació BIB: 300€

Altres: 550€

Pagament després del 10 de novembre

Membres del Campus Vall d’Hebron (VHIR/VHIO/HUVH): 200€

Membres d’Esfera UAB, OPIS i Associació BIB: 350 €

Altres: 600€

Hi ha 21 places, que s'adjudicaran per estricte ordre de pagament. En cas de no arribar-se a un mínim de 12 inscripcions el curs no es durà a terme.

Més informació: Per qualsevol dubte, podeu contactar per mail amb Mireia Ferrer mireia.ferrer@vhir.org o per telèfon al 634832859